急性期の疾患で入院が最も多いのは、扁桃周囲膿瘍や急性喉頭蓋炎です。扁桃周囲膿瘍は、扁桃炎が重症化したもので、膿瘍形成時には切開排膿が必要となります。急性喉頭蓋炎は、気道管理が必要となり、数％の割合で気管切開が必要になることもあります。重症化すると気道狭窄と縦隔への炎症の波及があり、当科では単なる咽頭炎でも、痛みで飲水・飲食ができない場合にはこの２つの疾患を精査し、入院にて加療を行う方針としています。

耳科領域では、中耳炎の手術を積極的に行っています。慢性中耳炎、真珠腫性中耳炎に対しては鼓室形成術、小児難治性の滲出性中耳炎には鼓膜チューブ留置術を行っています。

また、内耳疾患では突発性難聴や低音障害型難聴などの紹介を受けることが多く、重症例では入院ステロイド加療を行っています。治療の開始が早いほど治癒する確率が高いといわれており、早期の治療介入が重要となります。

末梢性顔面神経麻痺やHunt症候群も入院で加療対象になることが多い疾患です。発症初期での予後判定は難しいですが突発性難聴と同様に早期の治療介入が重要です。当科では、最も症状が増悪する発症後10日目頃に、神経電気刺激による予後判定を行います。

鼻副鼻腔領域では、慢性副鼻腔炎（蓄膿症）、鼻ポリープに対して内視鏡下鼻内手術を積極的に行っています。慢性副鼻腔炎は内服加療・保存的治療に抵抗性であれば手術適応となります。以前のように歯齦部を切開する手術を行うことはほとんどなく低侵襲の手術となっています。

頭頸部腫瘍は、甲状腺、耳下腺、顎下腺などの良性腫瘍の手術は当科で行っています。耳下腺や顎下腺の手術では、顔面神経の温存を目的として神経モニタリングを施行しています。悪性頭頸部腫瘍については、主に長崎大学病院や長崎医療センターに紹介しています。